جهانشاه پس از سی و سه سال فرمانروایی، به جنگ اوزون حسن آق قیونلو حاکم دیار بکر (که هنوز سرزمینی ایرانی بود) رفت و به دست او کشته شد. پیکرش را به تبریز آوردند و در مسجد کبود که بنای آن یادگار اوست، به خاک سپردند. مسجد کبود شباهتی به مسجد گوهرشاد مشهد دارد که آن نیز به همت گوهرشاد آغا ـ عمه جهانشاه قراقیونلو و همسر شاهرخ تیموری ـ ساخته شدهاست.